应急管理部南方航空护林总站在国家应急管理部和国家森林防火指挥部领导下，负责上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、山东、河南、湖北、湖南、广东、广西、海南、重庆、四川、贵州、云南、西藏等18省区市（以下简称“南方省份”）航空护林等工作。具体职能是：
（一）组织、指导、协调南方省份开展航空护林工作，制定航空护林总体发展规划并监督实施；
（二）组织、指导南方省份航空护林项目建设，负责南方省份航空护林的飞机租用、调配，监督飞行经费的使用，指导和管理航空护林航行地面保障工作；
（三）指导南方省份航空护林新技术的研究和推广，制定航空护林技术标准并组织实施；
（四）承担西南森林防火物资储备库的日常管理工作；
（五）负责南方森林航空消防训练基地的日常管理以及南方省份森林航空消防业务技术人员培训和考核工作；
（六）负责有关省份卫星林火监测工作；
（七）完成应急管理部交办的其他工作。